מחלות ומגפות לא היו זרות לאירופאים בימי הביניים. כאשר סבלו תושבי היבשת מבעיות בריאותיות, הם פנו לרפואה בתקווה שיתרפאו ממחלתם או שלפחות יחושו הקלה במחושיהם. כדי לעשות זאת, אנשים בלעו, שתו או מרחו תכשירים המוכרים לנו גם כיום, כגון שיקויים, משחות וכדורים .
אולם הכימיה של התרופות הללו הייתה שונה לחלוטין מאלו של היום, שכן הן הוכנו מחומרים טבעיים שנחשבו אז לבעלי סגולות שמימיות: אבנים יקרות כמו אגט ששימשה לטיפול בבעיות עיניים או ג’ספר ששימש נגד טחורים; מי מעיינות; חומרים מבעלי חיים ואף מבני אדם – ציפורניים, שתן ודם; ומעל הכול, צמחים אין־ספור .
ספר התרופות De Materia Medica מאת דיוסקורידס, רופא יווני מהמאה הראשונה, פירט על מאות צמחים ושימושיהם והופץ בכל רחבי אירופה ובעולם המוסלמי. כך למשל, הכלנית שימשה כתרופה לצהבת, לכאבי ראש, לעצירות, לאקנה ואף לקרחת.
סוחרי התבלינים מהמזרח היו שותפיהם של הרוקחים, כאשר תבלינים כמו קינמון ושומר נחשבו לבעלי תכונות רפואיות, ושימשו בין היתר למניעת ריח רע מהפה.

מהמנזר לבית המרקחת
במנזרים הוקמו גנים מיוחדים שבהם גידלו צמחי מרפא. הצמחים סודרו בערוגות מרובעות כדי שיהיו נגישות לנזירים שטיפלו בחולים, וכך גם הוקמו בתי המרקחת הראשונים כחדרים ייעודיים במנזרים. דוגמאות מוקדמות כוללות את מנזר קאמלדולי ליד פירנצה (1048) ואת מנזר סנטה מריה נובלה בפירנצה (1221), שהפך לאחד מבתי המרקחת הציבוריים הראשונים וזכה לפרסום לאחר שהנזירים ריפאו סוחר עשיר.
במאה ה־13 הופרדו בהדרגה תפקידי הרופא והרוקח. הרופאים כתבו מרשמים בלבד והרוקחים הכינו את התרופות בפועל. חקיקה של פרידריך השני ב־1231 קבעה הפרדה מוחלטת: הרופא לא יכין תרופות, והרוקח לא ירשום אותן.
עליית הגילדות הביאה להסדרה קפדנית של עבודת הרוקחים. בשנת 1353 נקבעו בפריז תקנות שאסרו על עיסוק ברוקחות ללא קריאה והבנת מרשמים, חייבו סימון תאריך על בקבוקים ואסרו על מכירת תרופות רעילות.
הפיקוח היה הדוק: 'מאסטר הרוקחים' ושני רופאים מפקולטת הרפואה עברו בין בתי המרקחת לפחות פעמיים בשנה ובדקו את כל החומרים.

נשים ברפואה
נשים, שהופקדו לרוב על הטיפול בילדיהן, ניסו להשתלב ברפואה אך נתקלו בהתנגדות עזה מצד הגילדות. לעיתים הותר להן לעסוק כמיילדות בלבד.
באנגליה של המאה ה־17, עם עליית שיעורי ידיעת הקרוא וכתוב, החלו נשים לכתוב ספרי מתכונים להכנת תרופות ביתיות. הידועה שבהן הייתה האנה וולי, שעודדה נשים לרכוש ידע ברפואה ובכירורגיה כדי להתקדם בחברה.
גם בקרב המתיישבים הקווייקרים באמריקה נמצאו נשים מרפאות, וידע זה הפך למשאב חיוני בחיי היום־יום של המושבות.

בשנת 1462 הכין הרוקח הספרדי פרננדו לופס דה אגילאר שתי תרופות עבור אנרי הרביעי מקסטיליה:
תחבושת לכליות
- זעפרן, ½ אונקיה
- פרחי קמומיל, אונקיה אחת
- כמון, אונקיה אחת
מחיר:130מרבדיס
תרופה לקלקול קיבה
- פרחי קמומיל, 2 אונקיות
- ורדים, 2 אונקיות
- סיגליות, 2 אונקיות
- בקעצור החורש, 2 אונקיות
מחיר: 48 אונקיות
כיתוב 2: תמונת מיניאטורה צרפתית מהמאה ה־15 המתארת גן צמחי תבלין. התמונה שמורה בספרייה הבריטית.
כיתוב 3: תמונה זו, המוחזקת בספרייה הלאומית של צרפת בפריז, מציגה רופא מלקט צמחי מרפא (מימין) ורופא ורוקח מכינים תרופה (משמאל).
כיתוב 4: נינו פיזאנו גילף במאה ה־14 פאנל המציג מרפא מטפל בחוליו. הפאנל מוצג במגדל הפעמונים של קתדרלת פירנצה.
